安保措施
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2015年11月巴黎袭击事件中，有一起袭击针对法兰西体育场的一场比赛，球迷和球员的人身安全争议由此引起。法国足协主席诺尔·勒·格瑞艾特对安保的关注在袭击后已经增加。他表示“已经关注到欧锦赛，现在（安保）明显严格了许多。我们将竭尽所能确保安全，尽管这些限制要冒各种风险。我知道每个人都要提高警惕。显然这意味着我们现在会更加警惕，但会长期关注（法国）联邦和各省[95]。”
球迷骚乱
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主条目：2016年歐洲國家盃球迷騷亂
英格兰与俄罗斯球迷冲突
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开赛前一天，马赛当地街头混混与英格兰球迷爆发冲突。警方利用催泪弹驱散人群，逮捕了一名当地混混和一名英格兰球迷[96]。6月11日英格兰对阵俄罗斯1-1平局的比赛当天，比赛前后当地再度发生街头暴力冲突[97]。一名英格兰球迷据报因伤情严重送院医治，另有数十人受伤[98]。次日，欧洲足联开始针对比赛上种族主义行为和燃放信号弹等“难以接受”的场面，向俄罗斯足球总会展开纪律调查程序[99]。6月14日，欧足联开出罚单，俄足协被处以15万欧元的罚款以及“缓期逐出欧锦赛”（缓刑）的处罚[100]，並发布声明，称若再次爆发暴力行为应取消两支球队的参赛资格[101]。
尼斯球迷冲突
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6月11日，北爱尔兰对波兰赛事前夕，双方球迷遭当地人及法国球迷袭击，多人受伤。冲突发生的地点在尼斯著名的海滨大道上，大量北爱尔兰队及波兰队球迷来到这里，等待两队之间的比赛。其时，在马塞纳广场附近，一伙尼斯当地青年试图挑起两队球迷间的矛盾，但两队球迷并没有发生冲突，而是共同将矛头指向这伙当地青年。场面一度陷入混乱，最终出动了防暴警察才将冲突平息下来。
次日凌晨2点，一位来自北爱尔兰巴利米纳市的球迷名从法国尼斯市的一处海滨大道上坠亡，年仅25岁。不过，这名球迷的死亡是否与比赛之前尼斯市发生的球迷冲突事件有直接关系，还有待进一步调查[102]。
里耳球迷衝突
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6月12日，烏克蘭對德國賽事前夕，雙方球迷於里耳街頭衝突，最少造成兩人受傷[103]。
球迷扔煙火
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6月17日，在聖伊天若弗鲁瓦·吉夏尔球场舉行的D組第二轮賽事，由捷克迎戰克羅地亞。在賽事尾段，多名克羅地亞球迷向場內投擲多枚燃點了的煙花。其中一枚更在場內爆炸，比賽一度需要暫停。多名克羅地亞球迷又在看台上打架。歐洲足協宣布，對克羅地亞足總展開紀律程序。在同日進行的D組第二轮賽事西班牙對土耳其，土耳其球迷衝入球場，以及賽後在場內燃點煙花，土耳其足總同樣面臨紀律聆訊。[104]
兩宗事件再次引起球迷討論場内保安問題，再加上去年11月經歷過巴黎恐襲，不少質疑法國經歷過恐襲爲何易燃物品仍然會順利通過安檢進入球場。
场地品质
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法国足球场因品质差在小组赛期间受到批评。法国教练迪迪埃·德尚的批评尤为严重[105][106]。欧足联赛事总监马丁·凯伦（Martin Kallen）指责暴雨损坏草皮，但媒体推测非足球活动也可能是因素之一[107][108]。
里尔的球场因球员不断打滑受到特别的关注，半场结束时场地管理人员被迫尝试修复裂开的草坪[109]。尽管欧足联采用多种方法纠正存在的问题，比如禁止比赛前在草坪上训练、施肥、播种、割草、光照治疗、干燥并在比赛时关闭顶篷以避免雨淋，但里尔的草坪还是必须在6月22日意大利对阵意大利的小组赛结束后全数更换[110]。新草坪被换上荷兰草，为6月26日德国对阵斯洛伐克的十六强赛作准备[111][112][113]。欧足联还表示，圣但尼和马赛的球场也需要修复[114]。
欧足联的利兹顾问理查德·海登（Richard Hayden）曾下令里尔、尼斯和马赛三弟球场管理者将球场换上由一家奥地利公司提供的估价60万英镑（约合46万欧元）的斯洛伐克草坪而遭到批评。据报道，6月22日，法国草坪协会官员因屡次出现的草坪问题指责海登，指出“今天只有这些草坪有问题是非常惊人的[115]。”欧足联发表声明驳斥称对海登的批评是毫无根据的，并表示他们对他的工作表示满意[114]。